Der S6 der zweiten A6-Generation (C5) wurde ausschließlich mit einem 4,2-Liter-V8-Motor angeboten. Der überarbeitete Achtzylinder mit Schaltsaugrohr und fünf Ventilen je Zylinder leistete nun 250 kW (340 PS). Das Modell besaß im Vergleich zum serienmäßigen A6, einen um 37 mm verlängerten Vorderwagen und zusätzlich stark ausgestellte Kotflügel und war wie alle A6 C5 mit einer vollverzinkten Karosserie ausgestattet. Um Gewicht zu sparen, wurden bei allen V8-Modellen die Motorhaube und die Kotflügel aus Aluminium gefertigt. Dabei wurde bereits ab April 1999 der Audi-Doubleframe-Kühlergrill gezeigt, der die Vorstufe zum neuen Singleframedesign darstellte.